结肠镜检查通常需要10-30分钟，但结肠镜检查的时间因肠道情况而有所波动。如果肠道清洁准备不足，也会影响内窥镜检查，所以在检验的过程中反复冲洗。此外，由于医生的熟练程度不同，结肠镜检查的时间也会有所不同。内窥镜检查前三天清淡饮食，吃一些容易消化、没有食物的残渣的食物。
另外，结肠镜检查有两种，一种是疼痛结肠镜检查，另一种是无痛结肠镜检查。结肠镜检查时一般都会有疼痛，患者有些疼痛，如果患者病情较好，大多是在20分钟左右即可完成。无痛结肠镜检查是需要麻醉的，在这种情况下结肠镜检查可能会更顺利，可以在一刻钟左右完成，所以做一次电子肠镜检查的时间不确定。