气管炎致病菌很多，如病毒、细菌、非典型致病菌等，不同致病菌治疗药物不同：
一、病毒性感染可口服清热、解毒药物，如清开灵、蒲地蓝、板蓝根或抗病毒药物，如奥司他韦、扎那米伟、阿比多尔等。
二、细菌感染气管炎，需要使用抗生素进行治疗，常用抗生素包括头孢克洛、阿莫西林、左氧氟沙星、罗红霉素等。
三、非典型致病菌感染，如支原体感染、衣原体感染，需要使用大环内酯类抗生素或喹诺酮类抗生素，大环内酯类抗生素包括阿奇霉素、红霉素，喹诺酮类抗生素包括左氧氟沙星、莫西沙星等。
四、真菌需要使用氟康唑、酮康唑等相关药物进行治疗。