大部分患者过了潜伏期之后，如果两次核酸检测阴性，基本上可以排除新型冠状病毒感染，但是有少部分患者潜伏期比较长，可以超过20天以上。虽然过了14天检测核酸为阴性，但是由于病毒的载量还没有达到一定数量，可以出现假阴性的可能性，这时候容易出现漏诊。
除了上述原因之外，还要排除其他产生假阴性的因素，包括样品质量过差，比如样品为口咽部的呼吸道标本，收集标本过早或者过晚，没有正确的保存、运输、处理标本，技术本身存在的原因，比如病毒变异、PCR抑制、试剂不合格、检测仪器有问题等，都可以导致假阴性出现。如果患者有新型冠状病毒的接触史，需要反复、多次检查病毒核酸。