角膜基质炎的治疗以局部应用糖皮质激素滴眼液和非甾体类抗炎药为主。近年来，局部应用免疫抑制剂滴眼液也有较好治疗。
一、药物治疗
1、糖皮质激素：通过抑制炎症细胞的聚集、阻止炎前因子的合成、抑制血管内皮细胞的增生移行发挥作用，但长期使用并发症较多。
2、抗病毒药：抑制病毒DNA的合成，从而起到广谱抗病毒作用。
3、非甾体抗炎药：通过减少角膜病灶区前列腺素的合成，减轻新生血管化。
4、免疫抑制剂滴眼液：是有效的免疫调节剂，能移植T淋巴细胞，显著抑制新生血管生长，延长角膜移植术后植片的存活时间。
二、手术治疗
角膜移植：对于角膜瘢痕形成造成视力障碍者，可行角膜移植。角膜移植手术应该在有眼库和具备相关技术的大型医院进行。术前要对病人进行全面评估，评估瘢痕所达层次以及选择角膜移植的方式，如角膜移植、深板层角膜或穿透性角膜移植等；手术后的病人应该定期复查，3~6个月后根据角膜愈合情况行角膜拆线。