小儿口腔疱疹一般可以自愈。小儿口腔疱疹是由疱疹病毒感染引起的，目前在医学上对病毒没有太好的治疗方法，因为病毒当中的DNA在不断发生变异，所以病毒也在发生变异，没有好的药物可以控制病毒。但是，人体是一个有机整体，有强大的免疫系统，一旦有病毒入侵，免疫系统会调动起来，通过细胞免疫和体液免疫，产生杀伤病毒的免疫细胞和免疫球蛋白，在一周左右病毒就会被免疫球蛋白和杀伤病毒的免疫细胞所控制，口腔疱疹的感染就会临床愈合。