结合患者的年龄、症状、对生育的要求等，子宫内膜异位症的治疗可以通过药物控制，也可以通过手术切除病灶。
通过药物控制，主要有假孕治疗和假绝经治疗，假孕治疗主要是通过长期服用孕激素类的药物使月经停止来潮，子宫内膜发生假妊娠的反映，导致异位内膜最终萎缩。
假绝经治疗是服用抑制卵巢功能的药物，如戈舍瑞林，使子宫内膜发生绝经妇女样内膜萎缩的情况。如果子宫内膜异位结节在2cm以上或者长期服药无效果者，需手术治疗切除病灶，术后结合药物预防感染。