引起尖锐湿疣的病毒，90%是由于低危型的HPV6和HPV11而引起。有时尖锐湿疣也存在低危型和高危型的HPV混合感染。HPV已经有100多个亚型，其中有40多种可以感染肛门、生殖器区域。
尖锐湿疣是由于HPV感染引起的性传播疾病，HPV是一种双链的DNA病毒，只生存在人身上，并且主要感染皮肤或者是黏膜上皮组织。HPV感染在人群当中很普遍，不同的亚型与不同的疾病相关，大多数生殖器的HPV感染具有自愈的倾向，既能够自己清除，又不引起相关的疾病。当HPV感染不能清除时，就可能会发展为尖锐湿疣。部分HPV与发生癌症的风险增高有关，称之为高危型的HPV。