治疗尖锐湿疣的外用药物有咪喹莫特乳膏或者是鬼臼毒素乳膏，还有赛儿茶素软膏等，有时也会使用皮损内注射干扰素，进行尖锐湿疣治疗。用一些免疫调节剂治疗，可能有一定的积极作用，如白细胞介素-2、卡介菌多糖核酸、胸腺肽、转移因子等。
由于患者存在个体差异，用药不存在绝对的最好、最快、最有效。除常用的非处方药外，其他药物的应在医生的指导下，充分结合个人情况再选择最合适的药物。一般轻型的患者可以单独药物治疗，而大多数患者需要药物与物理治疗进行联合治疗，必要时可能还要需要手术治疗。