从目前的研究进展上来看胆囊癌的病因还不是很清楚，一般认为胆囊癌的发生，与胆囊结石引起的慢性感染所造成的长期刺激具有一定关系。80%的胆囊癌病人会伴有胆囊结石，而癌肿的发生往往和结石的大小具有密切的关系。结石直径如果小于1cm，则发生癌变的几率要明显低于结石直径在2cm左右的病人。
此外有研究认为，胆汁中的胆固醇和胆酸盐在感染等因素的作用下，特别是在厌氧菌、梭形芽孢杆菌感染的时候可以演变为致癌物质，这些致癌物质就可能会诱发胆囊癌。还有人提出胆囊癌的发生，可能与病人的胆总管下端和主胰管的汇合连接处存在畸形具有一定关系。