多发脑缺血灶的治疗，要用阿司匹林、氯吡格雷、阿托伐他汀、瑞舒伐他汀等，进行改善血液循环和预防脑梗的再次发生，治疗缺血的症状，主要通过这些药物。
同时，要治疗基础疾病，高血压、糖尿病、高血脂会加快血管硬化，而出现缺血、缺氧灶，需要控制好血压、血脂、血糖。还有要戒烟、戒酒，可以预防和治疗多发脑缺血灶。通过运动，快走、慢跑、游泳等有氧运动，再加上饮食的注意，低糖、低脂、低盐饮食和药物的治疗，可以改善多发脑缺血灶。