多囊肾钙化是由于多囊肾破裂、出血、炎症等所造成多囊肾的损伤，随着血流中的钙质沉积，多囊肾钙化。
多囊肾钙化年长日久，仍继续有血流中的钙质沉积，则会导致多囊肾结晶、结石，多囊肾结晶、结石进一步对多囊肾组织的损伤，会引起多囊肾的出血、炎症，反过来多囊肾出血、炎症又会随着血流中的钙质沉积而愈合。因此，多囊肾往往多伴有多囊肾炎症、出血、结晶和结石等。