非淋菌性尿道炎致病菌主要以沙眼支原体和沙眼衣原体为主，治疗主要以药物治疗为主，最常用的新一代合成抗菌药物喹诺酮类，代表性的药物有红霉素、阿奇霉素、强力霉素、四环素、美满霉素等，对两种感染都有效果。如果确诊是单纯的沙眼衣原体的感染，还可以选用磺胺、利福平、链霉素、壮观霉素等。
如果确诊是单纯的沙眼衣原体的感染，可以针对性的选用庆大霉素、多黏菌素和新霉素。非淋菌性尿道炎的其他感染可能有细菌，主要是抗生素治疗，常用的有阿莫西林等，还有可能是病毒，常用的有利巴韦林、奥司他韦等，同时可以加上中药共同治疗，选用有清热解毒、活血化瘀的药物。