扁桃体肥大引起的原因，有生理性的肥大，也有反复发炎造成的炎症性的肥大，还有比较少见的扁桃体的肿瘤导致。在儿童时期容易出现扁桃体肥大，因为扁桃体属于咽部的淋巴器官，儿童3-5岁这个阶段淋巴器官属于发育比较旺盛的阶段，容易出现扁桃体肥大、腺样体肥大。如果肥大程度不重，可以不用特殊处理，随着年龄增长有可能会萎缩。
对于扁桃体反复发炎，炎症的刺激也容易导致扁桃体肥大，如果反复发炎引起全身的并发症，比如风湿性的关节炎、肾小球肾炎、风湿性的心肌炎、心瓣膜炎，或者引起牛皮癣、银屑病等等，和扁桃体反复发炎相关就需要做手术切除。另外，比较少见的原因，如果有单侧扁桃体肥大，同时有溃疡、坏死、伪膜等等这些表现要引起重视，要想到有没有扁桃体肿瘤的可能，要到医院尽早检查，取活检来确诊。