通常慢性疲劳综合征并没有器质性的病变，大多是神经、精神系统功能异常导致的症状。所以在治疗上主要是多休息，减少压力，可以根治。
它属于一种自限性疾病，通过休息和减少压力，并且多做运动，康复之后症状可以完全消失。
对于慢性疲劳综合征，药物治疗的效果比较有限，通常只是给予对症的药物治疗。例如有头痛等神经性疼痛，可以服用止痛药，例如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
如果有睡眠障碍、失眠，可以服用助眠的药物或者服用抗抑郁药调节神经功能。慢性疲劳综合征的患者还要注意加强户外的有氧运动，都有利于神经、精神功能异常的调整。