肠套叠常常多发生于婴幼儿，尤其是两岁以下的儿童，其典型的表现有腹痛。主要表现为阵发性哭吵、手足乱动、面色苍白、厌食、异常痛苦的表现。此外，还有呕吐、吐奶以及便血，便血主要表现为果酱样血便，以及腹部包块。
对于成人的肠套叠，其表现没有应有的典型，常常表现为阵发性的、反复的发作，少数人会有便血的现象。成人的肠套叠大多与局部的器质性病变有关，比如肠道的肿瘤等情况相关。肠套叠的一些其他症状包括有精神萎靡、表情冷漠，呈重病容，尤其14小时之后会出现肠坏死者，可以表现为腹膜炎的体征。如果全身情况恶化，常伴有高热、水电解质紊乱，以及休克等表现。