生殖细胞肿瘤有的是良性肿瘤，有的是恶性肿瘤，而只有恶性肿瘤才统称为癌症。生殖细胞肿瘤包括男性生殖细胞肿瘤和女性生殖细胞肿瘤两个大类，男性生殖细胞肿瘤中最常见的是睾丸肿瘤，90%来源于生殖细胞。
睾丸生殖细胞肿瘤是恶性肿瘤，包括精原细胞瘤和非精原细胞瘤。除了睾丸肿瘤外，前列腺癌和阴茎癌也是重要的男性生殖细胞肿瘤，都属于癌症。
女性生殖系统肿瘤属于癌症的，最常见的是卵巢癌和子宫颈癌，其次常见的还包括子宫内膜癌、子宫肉瘤和绒毛膜癌等。