脑炎患者吃的药，主要根据不同的致病微生物引起的脑炎进行相应的选择，如病毒性的脑炎要服用抗病毒的药物，常用的有阿昔洛韦或更昔洛韦，细菌性的脑膜炎或脑炎要选用容易通过血-脑屏障的抗生素，常用的有头孢曲松。
结核性的脑炎应该使用多种抗结核药联合治疗，真菌性的脑炎应该选用抗真菌药物，如两性霉素或者氟康唑等药，必要时可以进行鞘内注射。脑炎的患者除了选用以上治疗致病微生物的药物，还要多使用脱水、降颅压的药物，常用的有甘露醇、甘油果糖或者速尿，也可以同时给予一些营养神经的药物。