癫痫的病因颇为复杂，是由阵发性、暂时性脑功能紊乱所致的惊厥发作。既有脑内结构异常因素，也有遗传因素以及诱发因素。癫痫的病因可以分为6类，其中包括遗传性、结构性、感染性、免疫性、代谢性和病因不明。
一、主要病因
1、脑内结构异常：先天或后天性脑损伤可产生异常放电的致痫灶，或降低了痫性发作阈值，如各种脑发育畸形、染色体病和先天性代谢病引起的脑发育障碍、脑变性和脱髓鞘性疾病、宫内感染、肿瘤以及颅内感染、中毒、产伤或脑外伤后遗症等。
2、遗传因素：包括单基因遗传、多基因遗传、染色体异常伴癫痫发作、线粒体脑病等。过去主要依赖连锁分析和家族史来认定其遗传学病因，近年来依靠分子生物学技术，至少有10余种特发性癫痫或癫痫综合征的致病基因得到了克隆确定。其中大多数为单基因遗传，系病理基因致神经细胞膜的离子通道功能异常，降低了发作阈值而患病。
二、诱发因素
许多体内、外因素可促发癫痫的临床发作，如遗传性癫痫常好发于某一特定年龄阶段，有的癫痫则主要发生在睡眠或初醒时，女性患儿青春期来临时易有癫痫发作的加重等。此外，饥饿、疲劳、睡眠不足、过度换气、预防接种等均可能成为某些癫痫的诱发因素。