尖锐湿疣可以用咪喹莫特乳膏，但是单独的药物治疗疗效不是特别好，最好是联合治疗，可以联合物理治疗，常用的物理治疗包括冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、电离子治疗和微波治疗等，这些物理治疗是通过直接的破坏作用清除皮损。如果皮损只发生在小范围时，可能不需要手术治疗。
如果尖锐湿疣分布比较广泛，药物及冷冻治疗无法去除皮损时，还可以考虑手术治疗。手术的成功与尖锐湿疣数量有关，当数目较少且体积较小时，手术的成功率更高，需要额外治疗的可能性更小。不过手术治疗之后需要继续药物治疗，中医在治疗尖锐湿疣当中的地位不容忽视。