在临床上，桥本氏甲状腺病常常需要和亚急性甲状腺炎进行鉴别，少数桥本氏甲状腺病的病人可能会出现甲状腺局部疼痛，并且出现甲状腺内的结节，血沉也会加快，这些临床表现常常会被误认为是亚急性甲状腺炎。亚急性甲状腺炎常常可以自行缓解，而甲状腺碘-131的摄取率明显降低，在经过泼尼松治疗之后，亚急性甲状腺炎的症状可以迅速消失。
对于一些难以进行鉴别的疑难病例，必要时可以采用细针穿刺活检或者进行治疗试验。在桥本氏甲状腺病的病人当中，血清甲状腺过氧化物酶抗体的滴度往往明显增高，对桥本氏甲状腺病的诊断具有一定的临床意义。