子宫腺肌症就是子宫内膜的组织跑到肌壁间，在正常情况下子宫内膜是在子宫腔里面。子宫整个包括三层，外层是浆膜层，中间是肌肉层，内膜是子宫内膜层，子宫内膜层在雌孕激素的调控下发生周期性的改变，定期脱落月经就排出体外。但是如果子宫内膜长到子宫体以外，如果长在卵巢上、骶骨韧带上、子宫表面、子宫肌层，就形成了子宫内膜异位症，长在卵巢上形成巧克力囊肿。
子宫内膜异位症怎么发生的至今还没有完全的阐明，没有一个单一的理论可以解释内膜异位症的发生，目前普遍认为是子宫内膜种植学说。此外，子宫内膜异位的发生，还可能与机体的免疫功能、遗传因素、环境因素等有关。基本症状有血流的改变，可以造成月经异常，如月经周期长、经量多、月经间出血，可造成不孕症，不孕症中40%的人是由于子宫内膜异位症造成的。