三个月的宝宝心脏有杂音的原因，一般要判断杂音的分级，主要考虑以下几种情况：
1、生理性：如果是1-2级的杂音，一般是生理性，有可能是瓣膜的轻微反流导致，不会有太大的问题。
2、病理性：如果是3级以上的杂音，而且杂音又比较有特征性，像收缩期的杂音或者是连续性的杂音，不排除有先天性心脏病的可能，一般来说，需要做一个超声心动图确诊。
对于三个月的宝宝有心脏杂音，但如果是1-2级，并不急于马上到医院做超声心动图，因为通常是无害性的杂音，如果是3级以上，建议尽早到医院去做一个超声心动图，以明确是否存在先天性心脏病，以免耽误诊断和治疗。