慢性咽炎一般是不会影响肾炎的，如果链球菌感染引起的急性咽炎反复发作，有可能会影响到肾脏。
因为链球菌感染会损伤内皮细胞，导致的损伤必须要经过血液产生自身的抗体，形成抗原抗体复合物，对肾脏有攻击和损伤的作用。
最常见引起肾炎的是扁桃体炎，因为扁桃体是一个腺体，比较常见的感染细菌是乙型溶血性链球菌，会在扁桃腺的陷窝里面长期存在，刺激到腺体的细胞损伤再入血，形成自身抗体。
只有急性链球菌感染引起的急性咽炎可能会影响到肾脏，会引起肾炎急性的发作，出现血尿、蛋白尿的情况，慢性的、肥厚性的或者单纯性的咽炎是不会影响肾炎的。