Kartagener综合征治疗与其他原因的支气管扩张症类似，主要为抗生素抗感染、祛痰药和肺物理治疗促进痰液排出，同时也要积极治疗鼻窦炎。此外，流感疫苗和(或)肺炎球菌疫苗，可以增强抵抗力，有助于减少呼吸道感染，必要时可考虑手术治疗。
一、一般治疗
1、急性感染或病情严重的者要卧床休息，并注意室内空气流通。
2、高热量、高蛋白质、富含维生素饮食，避免冰冷食物诱发咳嗽，要少食多餐。
3、无特殊情况下每天饮水量保持在1500ml以上，使痰液稀释，利于排痰。
4、采取胸部叩击、体位引流、雾化吸入化痰药物等方法，有助于痰液的排出。
5、对于鼻窦炎，可局部采用生理盐水、抗生素(氨基糖苷类)或杀菌剂进行鼻内灌洗。
二、药物治疗
1、抗生素：如氨苄西林、阿莫西林、头孢曲松钠、莫西沙星等药物来控制支气管及鼻窦感染，或根据痰液细菌培养的药敏结果来选择敏感抗生素。持续用药易产生耐药性或二重感染，故不建议长期用药，可以在急性加重期使用。
2、支气管舒张药：可以改善肺通气功能，并帮助清除分泌物。
3、抗组胺药：对于过敏性鼻炎患者可使用抗组胺药，常用药物有苯海拉明、异丙嗪等。
4、止血药：反复咯血的患者可能会用可使用卡巴克洛、垂体后叶素等。
5、免疫球蛋白：对于蛋白血症患者可使用丙种球蛋白提升免疫力。
三、手术治疗
因病变局限，有手术适应症者可考虑手术治疗，但需要考虑个体差异。对于抗生素疗效好者很少需要进行肺叶切除；对晚期病例可考虑肺移植；慢性鼻窦炎也可考虑外科手术治疗。
1、支气管扩张症：严重支气管扩张，频繁咯血或感染，且病变局限于一侧肺者，可以进行手术治疗。常用的手术方法有切除病变的肺组织、肺移植。支气管动脉栓塞术是微创介入治疗，其损伤小、止血效果较好，对合并咯血的患者可以优先考虑。
2、鼻窦炎：经一般和药物治疗无效时，或伴有鼻息肉时可考虑手术治疗。手术治疗的原则在切除不可逆病变基础上，通过重建鼻腔、鼻窦通气和引流途径来改善鼻腔和鼻窦黏膜的形态和生理功能。
四、其他治疗
疫苗治疗：也可应用流感病毒疫苗、肺炎球菌和流感杆菌菌苗提高免疫功能。