亚急性心内膜炎早期诊断主要靠提高对本病的警惕，凡有器质性心脏病病人，有不明原因发热持续一周以上，需考虑本病的可能，并应立即连续送血培养及药敏试验。
血培养阳性可确诊本病及其病原，若多次血培养阴性，需注意风湿热复发或左心房黏液瘤，与非细菌性心内膜炎进行鉴别。
只有心脏杂音、发热而血培养阴性，也需与长期发热病，如结核、布鲁氏杆菌病、淋巴瘤、肝脓肿等鉴别。若出现出血点或栓塞现象，虽对本诊断本病有帮助，但多数已进入病的较晚期。