血源性肺脓肿首选的药物，依据血源性肺脓肿的病原菌、致病菌是哪一类，选择相应的抗生素。在各种血源播散性的肺脓肿中，可能以金黄色葡萄球菌，尤其是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌最常见。倘若判断血源性的肺脓肿是金黄色葡萄球菌导致，通常首选药物是糖肽类，如万古霉素、替考拉宁、利奈唑胺等。
倘若血行播散性的肺脓肿可能是肠杆菌属导致，通常首选碳青霉烯类的抗生素，如亚胺培南、美罗培南等。倘若血行播散性的肺脓肿既可能是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，也可能有产ESBL阳性的革兰氏阴性杆菌，通常要联合糖肽类和碳青霉烯类的抗生素联合使用。