细菌性阴道炎的治疗，先选用抗厌氧菌药物，主要有甲硝唑、替硝唑、奥硝唑或者克林霉素等，甲硝唑可以抑制厌氧菌生长，而不影响乳酸杆菌的生长，是比较理想的治疗药物。
细菌性阴道病的治疗可以有两种方法，可以采用全身用药，也可以采用局部用药。对于有性生活的女性，没有阴道流血情况下，首选局部用药为主，一般用甲硝唑栓或者克霉唑软膏阴道上药，哺乳期也选择以局部用药为主。全身用药首选药物为甲硝唑口服，也可以是替硝唑口服、克霉唑口服。细菌性阴道炎的全身治疗不推荐使用甲硝唑顿服，就是吃一次不够。