输注阿奇霉素时常见的全身反应可能会导致胃肠道反应，比如说腹痛，恶心，呕吐，腹泻等等。部分人还有可能出现过敏的现象，比如皮疹，严重的出现支气管痉挛。化验可能会有肝功转氨酶的升高，血象的下降。局部的话，可能会有注射部位的疼痛和局部的皮肤炎症。如果长期应用，可能会导致菌群失调，产生口腔念珠菌感染以及胃肠黏膜炎，神经系统可能会出现头痛，嗜睡的现象。