小肠间质瘤是一个潜在恶性的肿瘤，早期的间质瘤属于良性肿瘤，中晚期的间质瘤属于恶性肿瘤，小肠的间质瘤还是有可能治愈的。
早期的小肠间质瘤，如果能够早发现、早诊断、早治疗，早期小肠间质瘤不会出现扩散和转移，通过根治性的手术切除，可以彻底治愈。中晚期的小肠间质瘤的病人会出现扩散和转移，通过积极的治疗，联合手术治疗、化疗、放疗、靶向药物治疗等等，可以控制病情，减轻症状，延长寿命。