子宫内膜异位症最典型的症状为继发性痛经，并随局部病变的进展而渐进性的加重。典型的痛经常发生在月经开始前的1到2天出现，月经第1天最为剧烈，以后逐渐减轻，并持续至整个月经期。疼痛的部位多为下腹深部和腰骶部，并可以向会阴、肛门、大腿放射，部分患者还有直肠刺激症状，表现为解稀便和大便次数的增加。疼痛程度和病灶大小不一定成正比，有的患者则表现为腹痛时间和月经不同步，还有的患者腹痛长期存在，形成慢性盆腔痛，至经期加剧。