肛瘘复发期大多在术后三个月之内，肛瘘之所以会复发，主要是由于在手术中，没有探查明确内口和瘘管的位置，在手术中遗漏了内口或者瘘管的切开处理，所以导致术后复发。一般在三个月之内，患者就会出现肛瘘复发的症状，主要表现为肛周反复的肿痛、流脓，以及手术切口愈合不良等等，还有少部分的患者，是由于术后形成了假性愈合而导致肛瘘复发。
无论是哪种原因引起的肛瘘复发，患者均需要再次通过手术治疗才能完全治愈，手术前应彻底的检查，可以采取磁共振检查，明确瘘管的位置走行以及内口的位置和数量，再行手术治疗，降低术后复发率。