阿奇霉素这类药物，对于支原体、衣原体所导致的非淋菌性尿道炎具有一定的效果，可以改善临床的尿频、尿急、尿痛的症状。对于其它的细菌和微生物感染，可能需要进行针对药物相关的敏感试验，来选择适宜的抗生素来进行使用，通常可以选择磷霉素、呋喃妥因，或者氟喹诺酮类的药物，也可以选择头孢或者青霉素类的药物。
对于反复发作的尿道炎，需要完善相应的检查来治疗原发疾病，比如是否存在肿瘤、结石、结核等相关的病变，需要针对原发疾病进行控制来治疗尿道炎，尤其是复杂性的尿路感染。