非淋菌性尿道炎潜伏期平均为两周，主要临床表现是排尿时疼痛及尿道有分泌物，但症状较淋病轻，两种症状同时存在，有时只有尿道分泌物。尿道分泌物的特点是分泌物稀薄、量少，呈浆液性或稀薄脓性，自己流出者少，有的时候常挤压尿道才能够溢出，晨起尿道口有少许的黏液性分泌物。
女性患者大多无明显临床表现，多在性伴侣经确诊后，再去医院检查而发现。宫颈为主要的感染部位，表现为妇科的临床表现。非淋菌性尿道炎持续存在，可能会产生并发症。男性常并发附睾炎、慢性前列腺炎、精囊炎，导致不育症。女性会出现子宫内膜炎、输卵管炎，导致宫外孕、不孕症，继发流产和胎儿发育迟缓。