稽留流产大部分都是因为胚胎和胎儿染色体本身有异常引起的，比较常见的就是13.16.18.21.22.三体，另外母亲有严重的感染，慢性消耗性疾病，慢性肝肾疾病，高血压等也可以导致流产的发生。子宫有畸形，粘膜下子宫肌瘤，子宫腺肌病，宫腔黏连，也可以发生稽留流产，女性内分泌功能不足，特别是黄体功能不全，甲状腺功能减退，糖尿病血糖控制不好，容易发生流产；另外就是在孕期，过度的紧张焦虑，忧伤，恐惧，吸烟喝酒也容易发生稽留流产；还有一部分原因是因为精子染色体发生异常，在孕期接触过多射线，重金属等化学物质引起的。