急性扁桃体炎的治疗在急性发作期，一定要选用敏感的抗感染药物，通常首选青霉素类的抗生素，例如阿莫西林等来进行治疗，可以口服治疗，病情比较严重的也可以静脉输注治疗。
如果用药2-3天症状没有好转，要换用其他的抗感染药物，最好可以进行分泌物的药敏试验和培养来明确感染类型，选择敏感的抗生素使用。
另外，在急性扁桃体炎期间，局部也要进行杀菌消毒，例如要保持口腔清洁，要增加漱口以及刷牙次数，可以使用复方氯己定含漱液来进行漱口，还可以使用扁桃体隐窝冲洗或扁桃体内药物注射、局部喷药等方法，起到一定的抑制细菌、清除病灶的作用。
如果有反复发作的急性扁桃体炎，可以在急性炎症消退之后进行扁桃体切除术。