扁平疣是病毒疣、息肉、人乳头状瘤病毒，也就是HPV病毒感染皮肤黏膜引起良性的皮肤新生物。HPV病毒的亚型有100余种，引起扁平疣的主要是HPV的三亚型，扁平疣传染源主要是扁平疣患者。
另外，健康的带病毒者也是潜在传染源。传播的方式主要是通过直接或间接的接触传播包括自体接种，所以扁平疣的患者不要搔抓患处，否则扁平疣会沿着这种抓痕自我接种，这就是扁平疣的同性反应，沿着抓痕或皮肤破损的位置会出现新的疣体。
扁平疣具体的发病机制是人乳头瘤状病毒通过皮肤黏膜等微小损伤进入到上皮细胞内，并在里面繁殖增殖导致上皮细胞出现异常分化和增生，在皮肤上出现这些疣状的损害。
人体是普遍对HPV病毒易感，免疫功能低下以及皮肤有外伤更加易感，日晒也会加重扁平疣。