在临床上大部分的唇腭裂的患者病因不清，理论上认为唇腭裂是受遗传和环境双重因素相互作用的一个结果。遗传因素一般是指染色体当中存在一些致病基因，导致这种先天性的畸形。环境因素包括很多种，首先是病毒感染，在孕期患儿母亲遭受了一些特殊病毒的侵袭，例如麻疹病毒，就有可能产生唇腭裂畸形。孕期服用一些特殊的药物，例如抗癌药、抗癫痫药、类固醇药物等等。还有一些理化因素，例如接触到X光等射线的照射，或者是接触到一些有毒的化学药物，也有可能致畸。还有环境因素，就是营养的不平衡，像孕期叶酸的缺乏等等。