女性内分泌失调是指机体激素分泌过多，或者是激素分泌过少。治疗的原则是对于激素多的，要给予药物控制，使其激素量水平分泌至正常。对于激素量不足的，应该给予替代治疗，一般是缺多少补多少，比如发生甲状腺功能减退症时，甲状腺激素合成分泌减少，需要给予左甲状腺激素替代治疗，从小剂量开始逐渐加至能够完全替代的剂量。
如果是肾上腺皮质激素分泌减少，产生阿狄森氏病时，可以用氢化可的松、强的松进行替代治疗，也是从小剂量开始，一般是按生理剂量进行补充。如果是某种激素分泌过多，就可以用抑制该激素合成的药物，比如发生甲亢时，就可以用抗甲状腺激素合成的药物进行治疗。