肺结节病是一种原因不明的、多系统累及的肉芽肿性疾病，主要侵犯肺和淋巴系统，再就是眼和皮肤，目前认为病因主要有以下几种：
1、遗传因素，肺结节病的临床表型以及患病的种族差异，提示遗传因素的作用，家族和病例对照研究证实，与肺结节病易感和表型关系最为密切的基因，位于6号染色体的MHC区，其他候选基因如细胞因子、化学趋化因子受体等均不具备可重复性，功能的有效性未得到证实。
2、环境因素，伯氏疏螺旋体、痤疮丙酸杆菌、结核及其他分枝杆菌等，作为肺结节病的可能病因没有被证实，迄今没有感染性病因或其他因素被一致证明与肺结节病的发病相关。
3、免疫机制，肺结节病已受累脏器，尤其是肺脏的非干酪样坏死性肉芽肿为病理特点，病变组织聚集大量的激活的Th1型CD4-T淋巴细胞，和巨噬细胞是其特征性免疫异常的表现。
肺结节病的确切发病机制还不清楚，目前观点是遗传易感者受特定的环境抗原刺激，递呈细胞吞噬处理抗原，经Ⅱ类白细胞相关抗原分子传递到CD4细胞的T细胞受体，诱发受累脏器局部产生Th1型免疫反应，导致细胞聚集、增生、分化和肉芽肿形成，同时产生的白介素-2、白介素-12、白介素-18、γ干扰素、肿瘤坏死因子α等细胞因子和化学趋化因子，促进肉芽肿形成。