目前本病的病因尚不明确。主要是因为机体的免疫功能紊乱及免疫调节障碍而引起的自身免疫性疾病。可能是由于本身属于易感体质（比如有些孩子属于过敏体质，容易患过敏性咳嗽、湿疹类疾病），加上受到外界的诱因，比如紫外线、药物、感染等因素刺激，引起体内一系列免疫紊乱，产生此病。本病病情较为严重，如果不积极治疗，可累积全身多脏器功能，造成衰竭。系统性红斑狼疮同儿童类风湿性关节炎一样，同属于小儿全身结缔组织疾病。