巧克力囊肿的主要症状是下腹疼痛和痛经，痛经通常为继发性痛经，并且呈进行性加重，疼痛多位于下腹部、腰骶以及盆腔中部，有时会放射到会阴部、肛门以及大腿，常在月经来潮时出现，并持续到整个经期。当然，有些患者会没有明显的症状，还有的女性会出现不孕症，而且会出现性交痛、月经异常等，比如月经量增多、经期延长或者月经淋漓不尽、经前期点滴出血等。
在做妇科检查时，会发现一侧或者双侧附件区可触及囊实性的包块，且活动度差。当然，巧克力囊肿最终确诊还是要通过相关检查，比如做B超检查，或做盆腔CT以及核磁共振检查，最准确的方式是通过腹腔镜检查来确诊，腹腔镜检查到可疑病变或者病灶部位时，可以进行活检再进一步确诊。