肝囊肿的临床表现主要与病情的程度相关，一般的肝囊肿体积小也没有明显的症状，多数是在彩超下被发现，可以暂时观察不需要做特殊的处理，定期复查彩超动态观察体积变化。
对于体积较大的肝囊肿，有可能会出现肝功能异常、低蛋白血症、出现腹水等症状，也可能会压迫胆囊引起胆汁淤积，影响消化功能出现消化不良、腹胀、脂肪泻等临床表现。
肝囊肿最大的并发症就是破裂出血，常常危及生命，所以对于体积较大的肝囊肿，应该尽早行手术根治性治疗。