儿童肺炎可以是细菌感染、病毒感染，也可以是细菌、病毒以及支原体混合感染。
引起儿童肺炎的病原有很多，包括病毒、细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、原虫和真菌，以病毒和细菌感染最多见，细菌感染中肺炎链球菌感染是最多的，病毒感染包括腺病毒、呼吸道合胞病毒和柯萨奇病毒、鼻病毒、偏肺病毒等，临床上还经常见到多病原感染。
一般可以根据血常规、C-反应蛋白、血清淀粉样蛋白等，大致判断是病毒感染还是细菌感染，通过X线检查可以知道肺部的炎症范围和程度。
如果是住院的病人，可以通过血清抗体、细菌培养、病毒的核酸检测以及咽拭子的PCR，明确到底是哪一个病原感染引起，细菌还可以做药敏试验，可以指导临床抗生素的使用。