甲状腺功能五项最主要的临床意义是评估甲状腺工作是否正常，甲状腺功能五项主要包括T3、T4、游离T3、游离T4和促甲状腺激素，通过五项的检测，帮助判断功能是否正常，到底是出现了甲状腺功能减退，还是甲状腺功能亢进，通过化验结果就能够判定。
如果出现了功能的异常，也可以通过促甲状腺激素和甲状腺激素之间的反馈关系，判断病变到底出现在哪里。甲状腺功能五项可以帮助判断甲状腺工作的状态，但是医生不会仅仅凭化验单看病，也需要结合甲状腺疾病的相应症状，比如甲状腺功能亢进会出现高代谢的症状，甲状腺肿、甲状腺相关眼病，甲状腺功能减退的症状也包括低代谢交感神经兴奋降低。医生结合临床症状，结合甲功五项化验，还需要进行甲状腺超声，甚至同位素的检查，以及甲状腺自身抗体，综合起来才能够判断甲状腺是否存在疾病，病因出现在哪里。