肠结核的诊断需做肠镜检查明确，肠结核好发生在回盲部，由于大便在回盲部停留时间比较长，且淋巴结比较丰富，所以是结核杆菌好发生的位置。
回盲部有溃疡时，有局部坏死需要取组织学活检，通过病理检查，如果有干酪性肉芽肿或有结核杆菌的情况，可以确诊肠结核。肠结核的表现如发热、夜间盗汗以及午后低热等，都是结核中毒的症状。完善结核抗体检查，或给予PPD试验能够起到协助诊断的作用。