小儿乳糜泻主要的治疗方法终生无麸质饮食，治疗的初期应适当补充维生素和铁，多无手术治疗方式，一般需要终身治疗。
一、药物治疗
1、糖皮质激素：小儿乳糜泻患儿可发生严重腹泻、体重下降、低钙血症和低蛋白血症，因此可用糖皮质激素给药治疗；该药对任何类型的变态反应性疾病几乎都有效，但可能影响儿童生长发育，应在医生指导下使用。
2、葡萄糖亚铁：主要用于纠正贫血，可见胃肠道不良反应，如恶心、呕吐、便秘、上腹痛等。
3、维生素E：在早期治疗中补充维生素E，可以有效的预防因为营养不良导致的维生素E缺乏症，但是长期过量服用可引起恶心、呕吐、视力模糊、皮肤皲裂等不良反应。
4、维生素A：可以用于治疗早期，主要是预防腹泻引起的维生素A吸收不良，导致夜盲症等。
5、维生素D：同样用于治疗的早期，主要是预防腹泻引起的维生素D吸收不良，从而导致的佝偻病等。
6、叶酸：主要用于预防巨幼红细胞贫血。
二、手术治疗
小儿乳糜泻无需手术治疗。
三、营养治疗
小儿乳糜泻的治疗核心是终生严格的无麸质饮食，食物应去除小麦、大麦、黑麦。虽然燕麦对乳糜泻患者无害，但市售燕麦中可能会有其他谷类，因而在许多国家都不提倡食用。应特别注意麸质的隐匿来源，包括水解蛋白、食物淀粉、麦芽调味料、植物口香糖及天然调味料等。