骶管囊肿的病程一般较长，需要通过激素类药物或阿司匹林、布洛芬等止痛药物长期持续性改善症状。本病保守治疗效果不理想的患者，可通过脑脊液分流术、开放手术切除囊肿等手术治疗方式改善。
一、药物治疗
本病通常无有效针对性药品，激素及布洛芬等药物仅可改善症状。
1、减轻压迫的药：可局部注射激素类药物使囊肿皱缩变小，缓解囊肿对神经根的刺激，减轻压迫。
2、缓解疼痛的药物：可口服止痛药及非甾体类药物，例如阿司匹林、布洛芬等，缓解囊肿引起的疼痛。
二、手术治疗
对于保守治疗无效的患者，手术治疗是改善症状最有效的治疗方法，包括脑脊液分流术或转流术，对于穿刺有禁忌症的患者，可行开放性手术摘除囊肿。
1、脑脊液分流术：腰池-腹腔分流术适用于多发囊肿且合并脑积水时优先选择该术式；囊肿-蛛网膜下腔分流术适用于单发囊有良好的治疗效果。
2、开放手术切除囊肿：该术式可缓解症状，减少复发率。但由于术前症状轻重不同，疗效尚不明确，且手术创口大，易出现术后伤口愈合不良、感染等风险。