腘静脉血栓属于下肢深静脉血栓的一种，也很容易发生下肢深静脉血栓脱落，导致肺栓塞，使病人出现呼吸困难、咯血以及胸痛等症状，甚至会危及生命，所以这是腘静脉血栓最严重的风险。同时腘静脉血栓也会引起局部腿的肿胀，使患肢温度升高且发生疼痛的症状，通常会在溶栓后获得缓解。
腘静脉血栓也会发生远期的血栓后遗症，比如腿的肿胀、皮肤颜色的改变、出现一些散在褐色的瘀点、瘀斑，甚至会发生溃疡。所以为了防止这种情况，治疗需要足量、足疗程的抗凝以及溶栓，同时治疗后应对远期的后遗症进行积极的预防，包括使用弹力医疗袜以及口服迈之灵等。