唇腭裂是一种先天畸形，目前病因还不是很清楚。国内外的学者认为，唇腭裂是一种基因和环境共同作用的先天畸形，唇腭裂和遗传有关系，普遍认为是多基因遗传造成的，如果是临床综合征伴有唇腭裂，有可能是单基因遗传引起的。
还有环境因素可以引起唇腭裂，比如父母亲吸烟，或者是被动吸烟，或者是母亲在妊娠早期饮酒，或者是饮用具有毒性物质的水，或者母亲在妊娠早期或是在怀孕前应用化学药品，如治疗皮肤病的药物或者化妆品，都有可能使孩子在胚胎发育期受到影响，引起面突融合不良，而引起唇腭裂。