肛周脓肿的手术姿势与医生的习惯和患者的身体状况有关，一般是截石位或者侧卧位。
截石位是肛门部手术最常用的体位，患者仰卧于检查床上，臀部齐床边，两腿分开放在支腿架上，两手放在胸部或身体两侧，能最大限度显露会阴、肛门，是直肠、肛管手术及妇科检查的常用体位。
侧卧位是一种自然的休息姿势，适用于肛门检查、灌肠、体位引流等，一般多采用左侧卧位，患者臀部靠近床边，左下肢稍屈曲。右下肢屈曲90°贴近腹壁，两臂屈肘，一手放于枕旁，一手放于胸前。
侧卧位适用于体质较差者，摆放体位时如有不适，要及时告知医生。在手术的过程中，要尽量的配合医生，千万不要因为害羞而阻止截石位或侧卧位的方式进行手术，这样不但会影响手术的进程，甚至会影响手术的效果。